O modelo pedagógico adotado na Proposta Educacional do Sistema Mackenzie de Ensino
é o cognitivo-interacionista, que trabalha com o conceito de conhecimento transmitido em uma base de raciocínio dedutivo, associado ao método indutivo da construção do entendimento, na interação do aluno com o objeto do conhecimento, mediante a orientação e intervenção do professor. Considerando que toda atividade educacional transmite uma filosofia de vida, esse modelo pedagógico está calcado no pensamento e na estrutura cognitiva da cosmovisão cristã evangélica reformada, que são moldados pelas pressuposições contidas na Bíblia.